En 1971, il est nommé à la Faculté de théologie et de sciences religieuses de l'Institut catholique de Paris, et il assure la direction du Séminaire des Carmes où se forme l'élite intellectuelle du clergé français. Parallèlement à son enseignement qui le retiendra plus de vingt-cinq ans à Paris, il assume de multiples charges de direction, dont celles de directeur du département de la Recherche de l'Institut catholique de Paris, de doyen de la Faculté de théologie et de sciences religieuses de cette même institution, de président de l'Académie internationale des sciences religieuses, et de membre de la Commission théologique internationale. Dans le même temps, il développe une activité éditoriale considérable, collaborant avec des revues théologiques comme Recherches de science religieuse, Bulletin de christologie, Concilium et Spiritus, fondant et animant la remarquable collection "Jésus et Jésus-Christ" aux éditions Desclée, et dirigeant l'édition de divers ouvrages collectifs importants. En 1997, il est nommé archevêque de Strasbourg.

Ce rapide survol biographique met en évidence à quel point Joseph Doré a toujours lié vie intellectuelle et service pastoral, en privilégiant la recherche théologique et sa vulgarisation. Citant saint Bonaventure, il aime à dire que la théologie n'a pas son but en elle-même, mais que ce but est d'aider les hommes à devenir bons.